၁၉၅၂ ခုနှစ်၊ မတ်လ ၂၂ ရက်နေ့တွင် “ပြည်ထောင်စုယဉ်ကျေးမှုဝန်ကြီးဌာန”ကို ဖွဲ့ စည်းခဲ့ပါသည်။ ထိုစဉ်က “ပြည်ထောင်စုယဉ်ကျေးမှုဝန်ကြီးဌာန” လက်အောက်၌ ကမ္ဗည်း ကျောက်စာဌာန(ယခင် ရှေးဟောင်းသုတေသနဦးစီးဌာန၊ ယခု ရှေးဟောင်းသုတေသနနှင့် အမျိုးသားပြတိုက်ဦးစီးဌာန)၊ နိုင်ငံတော်စာကြည့်တိုက်၊ ပြတိုက်၊ အမျိုးသားပန်းချီခန်းမဆောင်၊ ရှေးဟောင်းစာပေနှင့် ယဉ်ကျေးမှုဌာနစု၊ နိုင်ငံတော်ဆိုင်းအဖွဲ့၊ နိုင်ငံတော်သဘင်ရုံး၊ ပန်းချီပန်းပု ကျောင်း၊ ပန်တျာနှင့် ပြဇာတ်ကျောင်းတို့ ပါဝင်ဖွဲ့စည်းခဲ့ပါသည်။
ထိုအချိန်က “အနုပညာဦးစီးဌာန”သည် ဦးစီးဌာနကြီးတစ်ခုအနေဖြင့် ဖွဲ့စည်းနိုင်ခဲ့ ခြင်း မရှိသေးသော်လည်း “ပြည်ထောင်စုယဉ်ကျေးမှုဝန်ကြီးဌာန”၏ ဖွဲ့စည်းပုံထဲတွင် နိုင်ငံ တော်ဆိုင်းအဖွဲ့၊ နိုင်ငံတော်သဘင်ရုံး၊ ပန်းချီပန်းပုကျောင်း၊ ပန်တျာနှင့် ပြဇာတ်ကျောင်းများ အဖြစ် စတင်တည်ရှိခဲ့ပြီးဖြစ်ပါသည်။
ပြည်ထောင်စုယဉ်ကျေးမှုဝန်ကြီးဌာန၏ ဖွဲ့စည်းပုံထဲတွင် ပါဝင်ဖွဲ့စည်းထားသည့် ပန်တျာကျောင်း(ရန်ကုန်)နှင့် ပန်းချီ၊ ပန်းပုကျောင်း(ရန်ကုန်)ကို ရန်ကုန်မြို့ ရွှေတိဂုံ ဘုရားလမ်း၊ ဂျူဗလီဟော(ယခုစစ်သမိုင်းပြတိုက်) နေရာတွင် ၁၉၅၂ ခုနှစ်မှ စတင်ဖွင့်လှစ်ခဲ့ပါသည်။ ပန်တျာ ကျောင်း(မန္တလေး)နှင့် ပန်းချီ၊ ပန်းပုကျောင်း(မန္တလေး)တို့ကို မန္တလေးမြို့ ၃၄လမ်းနှင့် ၃၅လမ်း ကြား၊ ၈၃လမ်းရှိ မီးသတ်အဆောက်အဦတွင် ၁၉၅၃ ခုနှစ်၌ စတင်ဖွင့်လှစ် ခဲ့ပြီး ၁၉၅၄ ခုနှစ်တွင် မန္တလေးမြို့၊ နန်းရှေ့၊ ၆၆ လမ်းမကြီး အရှေ့ဘက် ၂၀ X ၂၂ ကြား အောင်မြေသာဇံမြို့နယ် အနှိပ်တော်ရပ်ကွက်သို့ ပြောင်းရွှေ့ ဖွင့်လှစ်ခဲ့ပါသည်။
ယဉ်ကျေးမှုကောင်စီ အက်ဥပဒေအရ ၁၉၅၄ခုနှစ်တွင် ပြည်ထောင်စုယဉ်ကျေးမှု ဝန်ကြီးဌာန ဝန်ကြီးက ဥက္ကဋ္ဌအဖြစ်ပါဝင်သော “ယဉ်ကျေးမှုကောင်စီ”ကို ဖွဲ့စည်းခဲ့ပြီး ယင်း ကောင်စီလက်အောက်တွင် ဝန်ထမ်းအင်အား ၆၃ ဦး ပါဝင်သော ရုံးအဖွဲ့နှင့် ဝန်ထမ်းအင်အား ၃၅၇ ဦးပါဝင်သော “ကဇာတ်အဖွဲ့”တို့ကို ဖွဲ့စည်းထားရှိခဲ့ပါသည်။ ထိုစဉ်က “ပြည်ထောင်စု ယဉ်ကျေးမှုဝန်ကြီးဌာန” လက်အောက်တွင် ပန်တျာနှင့် ပြဇာတ်ဌာနခွဲ၊ နိုင်ငံသုခုမပညာသင် ကျောင်း၊ မွန်ရေးရာကော်မတီနှင့် ပြက္ခဒိန်ကော်မတီတို့ကိုလည်း ဖွဲ့စည်းထားရှိခဲ့ပါသည်။
၁၉၇၂ ခုနှစ်၊ မတ်လ ၁၅ ရက်နေ့တွင် စနစ်သစ် အုပ်ချုပ်ရေးကို အကောင်အထည်ဖော် သောအခါ “ပြည်ထောင်စုယဉ်ကျေးမှုဝန်ကြီးဌာန” ဟူသော အမည်မှ “ယဉ်ကျေးမှုဝန်ကြီးဌာန” ဟူသောအမည်သို့ ပြောင်းလဲခဲ့ပါသည်။ ယဉ်ကျေးမှုဝန်ကြီးဌာနတွင် “ဝန်ကြီးရုံး” အပါအဝင် “အနုပညာဦးစီးဌာန”၊ “ရှေးဟောင်းသုတေသနဦးစီးဌာန”၊ “ယဉ်ကျေးမှုဗိမာန်ဦးစီးဌာန”၊ “နိုင်ငံသမိုင်းသုတေသနဦးစီးဌာန” ဟူ၍ ပြင်ဆင်ဖွဲ့စည်းခဲ့ပါ သည်။
ထိုစဉ်က “အနုပညာဦးစီးဌာန”ကို ဝန်ထမ်းအင်အား အရာထမ်း၊ အမှုထမ်း၊ စုစုပေါင်း ၅၄၄ ဦးတို့ဖြင့် အဆင့် ၂ ဦးစီးဌာနအဖြစ် ဖွဲ့စည်းခဲ့ပြီး ဦးစီးရုံးလုပ်ငန်းများကို ရန်ကုန်မြို့ ချပ်လမ်းနှင့် ဂေါ်ဒွင်လမ်းထောင့် (ယခုမြို့မကျောင်းလမ်းနှင့် နဝရတ်ရိပ်သာလမ်းထောင့်) ခြံအမှတ် ၁ ရှိယဉ်ကျေးမှုရိပ်မြုံအတွင်း၌ ရုံးခန်းများဖွင့်လှစ်၍ ဆက်လက်ဆောင်ရွက်ခဲ့ပါ သည်။
၁၉၈၈ ခုနှစ် မတိုင်မီကာလတွင် အနုပညာဦးစီးဌာန စီမံရေးရာဌာနခွဲနှင့် သုတေသန နှင့်လေ့ကျင့်ရေးဌာနခွဲတို့ကို ရန်ကုန်မြို့ ချပ်လမ်းနှင့် ဂေါ်ဒွင်လမ်းထောင့် (ယခုမြို့မကျောင်း လမ်းနှင့် နဝရတ်ရိပ်သာလမ်းထောင့်) ခြံအမှတ် ၁ ရှိ ယဉ်ကျေးမှုရိပ်မြုံအတွင်းမှ ရန်ကုန်မြို့ ပန်းဆိုးတန်းလမ်းနှင့် မဟာဗန္ဓုလလမ်း ထောင့်တွင်ရှိသော “တီးကျူးမား” အဆောက်အဦသို့ ပြောင်းရွှေ့စေခဲ့ပြီး ကဇာတ်ဌာနခွဲကို ရန်ကုန်မြို့ ရွှေတိဂုံဘုရားလမ်း၊ ဂျူဗလီဟော (ယခင်စစ် သမိုင်းပြတိုက်)(ယခုစီးပွားရေးဦးပိုင်လီမိတက် တည်ဆောက်ဆဲ အဆောက်အဦနေရာ) တွင် ထားရှိခဲ့ပါသည်။ ၁၉၉၀ ပြည့်နှစ်တွင် ဂျူဗလီဟောနေရာကို စစ်သမိုင်း ပြတိုက်မြေနေရာဖြင့် သတ်မှတ်ခဲ့သဖြင့် ကဇာတ်ဌာနခွဲကို ရန်ကုန်မြို့၊ အမှတ် ၁၃၁၊ကမ္ဘာအေးဘုရားလမ်း၊ ဗဟန်း မြို့နယ်ရှိ ကမ္ဘောဇရိပ်သာ(ချင်းချောင်း)နန်းတော် အဆောက်အဦသို့ ပြောင်း ရွှေ့ခဲ့ပါသည်။ ဆက်လက်၍ “တီးကျူးမား” အဆောက်အဦရှိ စီမံရေးရာဌာနခွဲနှင့် သုတေသနနှင့် လေ့ကျင့် ရေးဌာနခွဲ (ယခု လေ့ကျင့်ရေးနှင့်သုတေသနဌာနခွဲ)တို့ပါ ပြောင်းရွှေ့ခဲ့ပါသည်။
၁၉၉၁ ခုနှစ်၊ စက်တင်ဘာလ ၁၈ ရက်နေ့တွင် ရန်ကုန်မြို့၌ ကျင်းပပြုလုပ်သော နိုင်ငံတော်ငြိမ်ဝပ်ပိပြားမှု တည်ဆောက်ရေးအဖွဲ့၏ အစည်းအဝေးအမှတ်စဉ် ၃၇ / ၉၁ အရ ယဉ်ကျေးမှုတက္ကသိုလ်(ရန်ကုန်)အပါအဝင် “အနုပညာဦးစီးဌာန”ကို အရာထမ်း ၁၃၃ နေရာ၊ အမှုထမ်း ၁၂၈၈ နေရာ၊ စုစုပေါင်း ၁၄၂၁ နေရာဖြင့် အဆင့် ၁ ဦးစီးဌာနအဖြစ် တိုးချဲ့ဖွဲ့စည်းခဲ့ ပါသည်။
၁၉၉၈ ခုနှစ်၊ သြဂုတ်လ ၂၁ ရက်နေ့တွင် ကျင်းပခဲ့သော နိုင်ငံတော်အေးချမ်း သာယာရေးနှင့်ဖွံ့ဖြိုးရေးကောင်စီ အစိုးရအဖွဲ့အစည်းအဝေးအမှတ်စဉ် ၂၇/၉၈ အရ ယဉ်ကျေးမှု တက္ကသိုလ်(ရန်ကုန်၊ မန္တလေး)အပါအဝင် “အနုပညာဦးစီးဌာန”ကို အရာထမ်း ၂၇၉ နေရာ၊ အမှုထမ်း ၁၈၆၆ နေရာ၊ စုစုပေါင်း ၂၁၄၅ နေရာဖြင့် တိုးမြှင့်ဖွဲ့ စည်းပေးခဲ့ပါသည်။
အနုပညာဦးစီးဌာနသည် ၂၀၀၆ ခုနှစ်၊ ဖေဖော်ဝါရီလ၊ ၂ ရက်တွင် ရန်ကုန်မြို့၊ ဗဟန်းမြို့နယ်၊ ကမ္ဘာအေးဘုရားလမ်း၊ အမှတ် ၁၃၁ ရှိ ကမ္ဘောဇရိပ်သာ(ချင်းချောင်း)နန်းတော် အဆောက်အဦမှ ယဉ်ကျေးမှုဝန်ကြီးဌာန၊ ရုံးအမှတ် ၃၅၊ နေပြည်တော်သို့ ပြောင်းရွှေ့ခဲ့ပါသည်။
၂၀၁၀ ခုနှစ်၊ ဖေဖော်ဝါရီလ ၁၁ ရက်နေ့တွင် နေပြည်တော်၌ ကျင်းပပြုလုပ်သည့် ပြည်ထောင်စုမြန်မာနိုင်ငံတော်အစိုးရအဖွဲ့ အစည်းအဝေးအမှတ်စဉ် ၆/၂၀၁၀ ဖြင့် အနုပညာ ဦးစီးဌာနကို အရာထမ်း ၂၈၆ နေရာ၊ အမှုထမ်း ၁၁၅၈ နေရာ၊ စုစုပေါင်း ၁၄၄၄ နေရာဖြင့် ပြင်ဆင်ဖွဲ့စည်းခဲ့ပါသည်။
၂၀၁၅ ခုနှစ်၊ ဇန်နဝါရီလ ၁၅ ရက်နေ့တွင် ကျင်းပပြုလုပ်သည့် ပြည်ထောင်စုအစိုးရ အဖွဲ့ အစည်းအဝေးအမှတ်စဉ် ၂/၂၀၁၅ ဖြင့် ယဉ်ကျေးမှုဝန်ကြီးဌာန၊ အတွင်းဝန်ရုံးအတွက် အင်အား ၆၇ ဦးနှင့် အမျိုးသားယဉ်ကျေးမှုနှင့်အနုပညာတက္ကသိုလ်(ရန်ကုန်၊မန္တလေး)တို့ကို ထုတ်နုတ်၍ အနုပညာဦးစီးဌာနကို အရာထမ်း ၈၄ နေရာ၊ အမှုထမ်း ၆၆၇ နေရာ၊ စုစုပေါင်း ၇၅၁ နေရာဖြင့် ပြန်လည်ပြင်ဆင်ဖွဲ့စည်းခဲ့ပါသည်။